局机关内设7个科室，下设经济责任审计办公室（正科级事业单位）。
　　局机关7个科室：
　　（一）办公室
　　处理局机关日常行政事务，负责有关会议的组织工作；负责文秘工作、宣传工作；负责接待、信访、保密、保卫、卫生、老干部、计划生育工作；负责人事管理、劳动工资；负责机关财务车辆和资产管理。
　　（二）法制科
　　负责全市有关审计工作的规范性文件的草拟、修改和报批；负责普法工作；编制全市审计工作计划；负责各业务科审计管辖范围的划分；负责统计工作和档案工作；协调各业务科的工作，对审计项目进行督查和质量检查；负责综合性重要文件的草拟；参加审定会议，参与研究处理重要审计事项；复核审理审计项目；主持审计听证会议，承办审计复议、涉诉案件；办理人大代表提案和政协委员议案及有关经济案件的查证；负责审计人员培训考试和考核工作；负责通联发行工作；对内部审计、镇（街道）审计进行指导和监督。
　　（三）财政审计科
　　负责对市级财政预算执行和其他财政收支（主要是市财政局、地税局、金库）进行审计和汇总；负责对镇政府（街道办事处）财政预算执行及决算和预算外资金的管理使用情况进行审计监督；开展财政资金专项审计和审计调查。
　　（四）经贸金融审计科
　　负责对工业、交通、内贸、外贸、旅游等主管部门和市属国有企业、国有资产占控股地位或主导地位的企业的审计；负责对市属金融机构的审计；负责对国际组织、外国政府援助、贷款项目的审计；开展专项审计和审计调查。
　　（五）建设投资审计科
　　负责对市直建设部门及各施工、设计、监理单位的审计；负责对国家建设项目预算执行和决算、城建资金和专项建设资金的审计；开展专项审计和审计调查。
　　（六）农业社保审计科
　　负责对农业、林业、水利、水产、畜牧等部门及直属单位的审计；负责对劳动和社会保障、民政、卫生部门及直属单位的审计；负责对市政府有关部门管理的或社会团体受政府委托管理的养老、失业、医疗、社会福利、救灾救济、扶贫开发、优抚安置等社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金使用情况的审计；开展专项审计和审计调查。
　　（七）行政事业审计科
　　负责对与市财政有拨缴款关系的市委机关、市人大机关、市政协机关、市法院、市检察院的审计；负责对市直文教、科技、体育、环保、国土资源、公安、司法和其他综合管理部门、下属事业单位及其他单位的审计；开展专项审计和审计调查。
　　经济责任审计办公室内设2个科：
　　经济责任审计办公室（正科级事业单位）按照国家有关规定，对国家机关和依法属于审计机关审计监督对象的其他单位的主要负责人，在任职期间对本地区、本部门或者本单位的财政收支、财务收支以及有关经济活动应负经济责任的履行情况，进行审计监督。
　　（一）经责一科：负责对镇（街）党委书记、镇长任职期间经济责任履行情况的审计监督。
　　（二）经责二科：负责对市直机关、事业单位主要负责人任职期间经济责任履行情况的审计监督。